在国军的平叛和谈判下，新疆三区叛乱终被平定，苏联见拿不下新疆，但并不甘心，其后制造的中蒙冲突中支持外蒙古，还意图进犯新疆，重新控制新疆地区。

外蒙入侵北塔山
苏联唆使外蒙古制造边境冲突，1947年5月18日，外蒙古8名士兵越过边界，遭国军马希珍连部捕获，外蒙军队要求国军交出中国领土北塔山阵地未果。6月5日黎明，蒙军在飞机炮火的支援下，突然向国军马希珍连进行猛烈攻击，由于国军守区地形复杂，最终外蒙军队未能攻克该阵地。

外蒙军队7日晨8时，先以飞机、炮兵、步骑兵攻击中国军队，重机枪掩护，被击退。哈萨克族武装乌斯满‧巴图尔率骑兵与蒙军交战，蒙军又被击退。

6月15日、17日、20日均有小规模的战争。6月26、27日两日，外蒙军又发动较大规模的进攻，无果。7月3日又有一次激战，国军缴获外蒙军的文件地图旗帜等证据。

当时的外交部长王世杰向西北行辕主任张治中指示强调，此事必须向苏联而不止是蒙古提出抗议，因新疆迪化（北塔山属于国军新疆迪化防区）发电描述战斗均有苏联标示飞机参与，且如只向外蒙提抗议，苏联也会以中立国地位行使否决权，同时民国政府也决定向新疆派遣高级军官等。

中共积极配合入侵
为配合苏联唆使的外蒙入侵北塔山战斗，中共积极响应，1947年7月1日，新疆迪化的共产党干部发动“革命”，吐鲁番副县长柯文章遭暴动群众殴打至昏迷，暴徒并占领西大桥与南梁一带据点，宋希濂下令镇压，警备司令部调集宪警驱散群众。7月8日，托克逊的共产党聚集约500人，攻击连木沁警局，杀害警员抢夺全数枪支，接着围攻汗墩警所。7月12日，疆独组织发动天山南路的三县暴乱（吐鲁番、鄯善、托克逊三县）。7月17日，国军部队增援，双方展开激战。8月15，宋希濂平定了三县暴乱。

中共窃政后，上海人民美术出版社编印的一本小册子名叫《北塔山风云》的连环画，美化入侵事件，称是国民党挑衅，是美国驻迪化领事馆指使的，并把当时没有到新疆的一个名叫马克南的美国人说成是这一事件的重要策划人。

从三区叛乱中的共产党分裂中国行为中醒悟过来、并为保家卫国战斗的“哈萨克之鹰”乌斯满‧巴图尔，被中共描写成罪大恶极的“巨匪”，1951被中共抓捕并遭枪决。