因接受中共政府资助并屡屡打压学术自由，在美国开设的孔子学院受到外界越来越强烈的质疑。出于对中共海外渗透对美国国家安全造成威胁的担忧，美国国防部决定终止对设立孔子学院的美国高校提供中文教学项目的资助。此后陆续有大学关闭了相关项目，最近又有4所美国大学决定关闭孔子学院。

据美国《新闻周刊》杂志的报导，美国西肯塔基大学上周宣布关闭本校的孔子学院，原因是该校未能获得国防部的资助与豁免。除此以外，印第安纳大学 (Indiana University)、罗德岛大学 (University of Rhode Island) 、明尼苏达大学 (University of Minnesota)也在近期陆续做出了关闭其校内附属的孔子学院，原因与西肯塔基大学一致。

报导指出，近年来美国政界越来越关注中共在美国采取的渗透行动，而孔子学院是由中共政府资助的在美办学项目，该学院的各个分校屡屡发生试图限制学术自由的事件，招致广泛批评。

美国国会去年宣布终止对设有孔子学院的美国高校中文教学项目资助时表示，相关学校只有获得豁免才可以继续接受五角大楼的资助。不过截至目前，已提出豁免申请的13个学校全部都被驳回。

该报导并披露，在美国参议院常设调查小组委员会(Senate’s Permanent Subcommittee on Investigations) 今年2月发布的一项调查强调中，多名美国高校官员向该委员会表示，孔子学院并不是一个可以讨论类似立1989年天安门屠杀等敏感议题的场所。该委员会认为，孔子学院接受中共政府资助的背景导致其很有可能威胁学术自由。

美国联邦调查局局长克里斯托弗.雷去年在参议院情报委员会 (Senate Intelligence Committee) 作证时曾表示，他们对孔子学院有所担忧，并一直在警惕地注视着美国高校的孔子学院。

美国学者、《中国即将崩溃》一书作者章家敦 (Gordon Chang) 对《自由亚洲电台》表示，孔子学院表面上是属于中国教育部，但实际上中共统战部的分支。而且孔子学院试图限制学术自由的事件也有所发生，这让美国高校人们意识到越发意识到孔子学院的潜在威胁，意识到不能让中共来影响美国校园里的学术自由。五角大楼做出了正确的决定。

据公开的咨资讯，孔子学院隶属于中国教育部属下的“国家汉办”，由中共宣传部门资助。中共政府主要负责孔子学院的课程、活动、开支和员工事宜。

对此，海外中文政论网刊《北京之春》的荣誉主编胡平也指出，孔子学院虽然名义上打着中国古代著名思想家孔子的招牌声称教汉语的，但它实际上奉行的是中共大外宣政策的。他说：“孔子学院在美国的设立，是美中所谓文化交流的一个很不对等的表现。”

事实上，曾经有中共政府的官员宣扬说，孔子学院在国际上推广中国（中共）的“软实力”和推动其舆论宣传方面发挥了关键的作用。

据了解，在过去一年半的时间里，已有十几所孔子学院相继关闭。外界普遍认为，随着时间的推移，将会有越来越多的美国院校关闭其兄院内开办的孔子学院。