1967年6月18日，北京钢铁学院张建琪、北京外语学院刘令凯等人组织一个红卫兵组织，全称为“首都五一六红卫兵团”，组建时不到100人。其宗旨是炮打周恩来，认为周为“二月逆流”的黑后台。由于炮打的是忠实执行毛泽东文革路线的周恩来，该组织的活动立即受到毛泽东和党中央的关注，该组织很小而且影响甚微，1967年9月8日，毛泽东在《人民日报》发表的文章中加了一段话：说“……所谓‘五一六’的组织者和操纵者，就是这样一个搞阴谋的反革命组织。应予以彻底揭露”。第一次公开在报刊上提出要在全国彻底揭露“五一六反革命阴谋集团”。该组织被取缔并逮捕张建琪、刘令凯等人，押送至天津劳改农场改造（1976年9月毛泽东去世，张建琪在劳改农场高喊反毛口号，张被再次逮捕，加判15年徒刑），问题基本上解决。可中共为整人不断地找借口，极力夸大这个小组织的力量和活动范围。

1968年，中央成立清查“五一六”专案领导小组， 1970年1月31日，中共中央发出《 关于打击反革命破坏活动的指示》 ，进一步在全国大规模地开展清查“五一六”运动。

3月27日，中共中央发出《关于清查“五一六”反革命阴谋集团的通知》。这个通知要求纠正扩大化倾向，制止搞逼供信和采取体罚或变相体罚的手段，并提出“要扩大教育面，缩小打击面”。但是，通知又提出：“国内外阶级敌人同我们的斗争是很复杂的，反革命秘密组织决不是只有一个‘五一六’”，鼓动人们去抓更多的“反革命”，该档并未明确规定‘五一六’分子的标准和界限。当时，中共指示，凡是有‘三指向’（将矛头指向以为首的党中央，指向‘三支两军’，指向‘革命委员会’）行为的人，就要在这个运动中清查。所谓的‘三指向’其实是可以做出多种解释的，使清查具有了很大的随意性；而‘三指向’与以往的‘反革命’罪不同的是，它很容易被延伸到‘文革’中最活跃的‘造反派’身上。因此，很自然地‘清查’运动的矛头就指向了在校大学生里‘文革’初期的积极分子。从吴德的话也可证实这一点说，“就是通过这次清查，把‘五大领袖’（文化大革命初期，聂元梓、蒯大富、韩爱晶、谭厚兰、王大宾五人曾经被称为学生造反派“五大领袖”）拿下来的，批判、查清了他们的罪行，然后把他们下放去劳动改造”，中共利用红卫兵造反达到目的后，就丢弃， 1971年2月8日，经毛泽东批准，中共中央发出《关于建立‘五一六’专案联合小组的决定》。

从1970年初至1974年在全国范围内开展清查“五一六”分子运动。全国约有300万人被打成“五一六”分子，连同受牵连的家人超过千万。

在北京地质学院，物探系总共只有120多名教职工，其中108人被打为“五一六”分子，该校数名师生被整死。

外交部3,000名职工，竟有1,500人被打成“五一六”分子。许世友在南京抓了20多万名“五一六”分子。在清查“五一六”分子运动中，其速度之迅猛、打击之面广、斗争之残酷，手段之残酷，时间之漫长，逼死逼疯逼残的人之多，为文革其他运动所罕见。在深挖中，毛泽东不断发指示：罪行不在大小，关键在于态度；革命的学生要联合，打倒反革命“五一六”；林彪则发指示:抓“五一六”一个都不能放过；在这“一个都不能放过”的指令下，宁可错抓百万，不可放走一人，许多甚至没有听说过“五一六”组织的人被搞得家破人亡，妻离子散。

具有讽刺性的是：有些清查“五一六”专案领导小组的领导和骨干，如陈伯达后被列为“五一六”阴谋集团的操纵者，“9·13”事件后，林彪被名列操纵者的首位，深挖“五一六”的江苏省革委会副主任的迟明堂，后来也被打成“五一六”分子，中央“五一六”专案组办公室主任、公安部长李震也自杀身亡。“五一六”反革命阴谋集团是文革中的大冤案之一，利用运动杀人本就是中共的一贯作法。